В 1993 г. музеем была приобретена информационная музейная система «КАМИС», разработанная фирмой «Альт-Софт». Изначально данная система была выполнена в DOS-версии и была установлена на 2-х компьютерах, расположенных в отделе информационного обеспечения. Система КАМИС позволяла осуществлять учетно-хранительские действия.
С 1995 г. начался активный период внесения информации в КАМИС как сотрудниками отдела хранения, так и сотрудниками экспозиционных отделов. После внедрения системы весь учетный документооборот был автоматизирован.
В 1999 г. Рыбинским музеем-заповедником был получен грант Института «Открытое общество» (Фонд Сороса). По этому гранту музей осуществлял обследование, поставку техники и программного обеспечения в музеи Ярославской, Ивановской, Владимирской и Костромской областей. Кроме этого, музей оказывал методическую помощь этим музеям и обучение сотрудников. По этому гранту фирмой «Альт-Софт» была разработана новая клиент-серверная версия КАМИС, которая впервые была установлена и прошла обкатку в Рыбинском музее-заповеднике. Сейчас эта система внедрена более чем в 300 музеях России, Украины и Азербайджана и является самой распространенной и прогрессивной музейной информационной системой России.
В 2000-е гг. в музее был образован учебный центр для сотрудников музеев России по системе КАМИС. За эти годы обучение в центре прошли сотрудники Владимиро-Суздальского музея-заповедника, Соловецкого музея, Омского музея, музея «Куликово поле», Ханты-Мансийского музея «Природы и человека», Анадырского музея, музея геологии и нефти г.Ханты-Мансийска, Костромского музея. Сотрудники Рыбинского музея-заповедника принимали участие в установке системы КАМИС и обучении сотрудников по всей территории России и ближнего Зарубежья.
В 2000-е гг. на базе Рыбинского музея-заповедника были проведены аналитические семинары по информационным технологиям в музейной сфере. В них приняли участие ведущие специалисты музеев Центрального, Северо-Западного и Сибирского регионов России.
В настоящее время в информационную базу музея введены все предметы, входящие в коллекцию Рыбинского музея-заповедника (118240 единиц). Силами сотрудников отдела активно ведется оцифровка коллекции музея. В настоящее время изображения имеют 53940 предметов. В последние годы началась оцифровка и аудиовизуальной коллекции музея.
В 2009 г. музей наряду с ведущими музеями России принял участие в создании Интернет-ресурса для образовательных целей, в котором были представлены лучшие экспонаты из коллекции музея.
В 2010 г. музей принял участие в проекте АНО «Руниверс» по созданию Интернет-ресурса «Русская фотография конца XIX – начала XX в.» В этот ресурс музеем было представлено свыше 2000 предметов из фонда фотографий.
В 2000 г. музей включился в международный проект по созданию европейской цифровой библиотеки EUROPEANA. Музей является одним из 5 музеев России, включенным в этот проект. В настоящее время согласованы все документы и протоколы обмена информацией. Прошла передача описаний музейных предметов (около 22 тыс.)